2012年，贸仲委被指定为《海峡两岸投资保护和促进协议》项下的投资争端解决机构之一，以调解方式解决台湾投资者与内地方的投资争端。

2017年，贸仲委被指定为内地与香港、澳门分别签订的《<关于建立更紧密经贸关系的安排>投资协议》（简称“《CEPA投资协议》”）项下的内地方调解机构之一，港澳投资者可以依据《CEPA投资协议》第十九条的规定，向贸仲委申请调解其与内地实施具体行政行为的特定部门或机构之间的投资争端。

贸仲委《CEPA投资协议》投资争端调解规则已于2018年12月12日起生效实施。贸仲委CEPA投资争端调解员名册现有调解员55名，其中内地38名，香港13名，澳门4名。

贸仲委将依托其丰富的争议解决经验和争议解决专家资源，公平高效地为当事人提供投资争端调解服务，为促进内地和台港澳经济交往和相互投资的发展、完善我国投资争端解决机制发挥积极作用。